Základními pracovišti fakulty jsou ústavy, centrum, škola a středisko s následující předmětnou činností:
•    Výzkumný ústav rybářský a hydrobiologický (VÚRH) se sídlem ve Vodňanech. Tento ústav je zaměřen na badatelský a aplikovaný výzkum, vzdělávání a hospodářskou činnost v oblasti rybářství a ochrany vod. V ústavu je z větší části realizována výuka studentů doktorského studijního programu (DSP) oboru Rybářství a Fishery, dále je pracovníky ústavu zajišťována i výuka bakalářských a magisterských studentů.
•    Ústav akvakultury (ÚA) se sídlem v Českých Budějovicích. V ústavu se vedle výzkumné činnosti realizuje především výuka bakalářského a magisterského studia oborů Rybářství, Aquaculture a Ochrana vod a rovněž hospodářská činnost.
•    Škola komplexních systémů (ŠKS) se sídlem v Nových Hradech. Škola se zabývá studiem komplexních systémů v přírodních a společenských vědách a technickými i jinými aplikacemi výsledků výzkumu a hospodářskou činností. Po akreditaci studijního oboru Komplexní systémy bude zajišťovat příslušné magisterské a doktorské studijní programy.
•    Jihočeské výzkumné centrum akvakultury a biodiverzity hydrocenóz (CENAKVA) se sídlem ve Vodňanech. Centrum se zabývá aplikovaným a cíleným výzkumem v oboru rybářství a ochrany vod a vytváří podmínky pro výzkum a hospodářskou činnost na fakultě.
•    Mezinárodní Environmentální Vzdělávací, Poradenské a Informační Středisko ochrany vod Vodňany (MEVPIS) se sídlem ve Vodňanech. Středisko zajišťuje projektovou činnost zaměřenou na přípravu a realizaci dotačních titulů, celoživotní vzdělávání, správu vědecko-technických informací a vydavatelskou a obchodní činnost.